فيكأس الأمم الأفريقية 1988التي أقيمت في المغرب , احتل المغرب المرتبة الأولى في مجموعته لكنه انهزم أمام الكاميرون في نصف النهائي , و احتل المرتبة الرابعة بعد هزيمته في مباراة تحديد المرتبة الثالثة أمام الجزائر بضاربات الترجيح بواقع (4-3) بعد التعادل 1-1 .و في كأس الأمم الأفريقية 1992أقصي أيضا من الدور الأول، ثم إن المغرب لم يستطع المشاركة في دورتيكأس الأمم الأفريقية 1994 وكأس الأمم الأفريقية 1996.
بعد فشله في المشاركة في نهائياتكأس العالم 1990 , تأهل المنتخب المغربي من جديد إلى نهائيات كأس العالم في دورتي 1994 و 1998 ، لكنه فيكأس العالم 1994خرج من الدور الأول بعد خسارته في كل مبارياته , إذ خسر أمام بلجيكا ب 0-1 ثم أمام السعودية 1-2 و أخيرا أمام هولندا ب 1-2 . و فيكأس العالم 1998قدم المنتخب المغربي أداء رائعا , فبعد تعادله أمام النرويج ب 2-2 و خسارته أمام البرازيل ب 0-3 سحق المنتخب المغربي اسكتلندا ب 3-0 لكنه لم يحالفه الحظ في التأهل بعد فوز النرويج على البرازيل ب 2-1 في الدقيقة الأخيرة .وفي إقصائيات كأس العالم القادمة لم يستطع المغرب التأهل لمونديال 2002 .
أما بالنسبةكأس الأمم الأفريقية 2000وكأس الأمم الأفريقية 2002فإن المغرب قد خرج مرة أخرى من الدور الأول.
و فيكأس الأمم الأفريقية 2004حقق المغرب إنجازا تاريخيا بوصوله إلى النهائي ، أوقعت القرعة المغرب إلى جانب نيجيريا و جنوب أفريقيا و بنين و فاز في أول مباراة أمام نيجيريا ب 1-0 ثم سحق بنين 4-0 قبل أن يتعادل 1-1 مع جنوب أفريقيا .
و في ربع النهائي واجه الجزائر في مباراة دراماتيكية حيث بعد أن كانت النتيجة هي التعادل السلبي تقدم المنتخب الجزائري بهدف قبل نهاية المبارة بعشر دقائق قبل أن يسجل مروان الشماخ هدف التعادل في الوقت البديل ثم في الأشواط الإضافية أضاف المغرب هدفين آخرين ليتأهل إلى نصف النهائي حيث واجه مالي التي سحقها ب 4-0 ليتأهل إلى النهائي لمواجهة البلد المضيف تونس ، و استطاعت تونس الفوز على المغرب ب 2-1.
